令和8年度税制改正大綱の実務ポイント｜スタートアップが今すぐ検討すべき対応策

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今回のテーマは、
『令和8年度税制改正大綱の実務ポイント｜スタートアップが今すぐ検討すべき対応策』です。

令和7年12月19日、与党より「令和8年度税制改正大綱」が公表されました。
今回の税制改正は、物価上昇や人手不足への対応、国内投資の促進を目的とした支援策が盛り込まれる一方、財源確保の観点から一部制度の見直し・縮小
も行われており、スタートアップの経営判断に大きな影響を与える内容となっています。

まず注目されるのが、中小企業の少額減価償却資産の特例拡充です。
取得価額の要件が従来の「30万円未満」から「40万円未満」へ引き上げられ、適用期限も3年間延長されます。
設備更新やIT投資を検討するスタートアップにとって、即時損金算入を活用しやすくなり、キャッシュフロー改善に資する改正といえます。

次に、研究開発税制の見直しです。
一般型の控除率や控除上限の見直しに加え、AI・量子・バイオといった国家戦略分野を対象とする「戦略技術領域型」が新設されました。
さらに中小企業者等については、中小企業技術基盤強化税制で控除しきれなかった税額を3年間繰り越せる制度が導入され（繰り越した控除の利用は、試験研究費が比較試験研究費を上回る年度に限られます）、継続的な研究開発投資を後押しする内容となっています。

一方で、注意が必要なのが賃上げ促進税制の見直しです。
中小企業向け制度では、教育訓練費の増加に応じた上乗せ措置が廃止され、令和8年4月1日以後開始事業年度から適用されます。
これまで賃上げと研修投資を組み合わせて税額控除を受けていた企業は、今後の人件費戦略と税務上の影響を改めて検討する必要があります。

また、インボイス制度の見直しも実務への影響が大きい改正です。
インボイス制度の「2割特例」については、令和9年・10年の経過措置として、個人事業者に限り「3割特例」が認められる一方、法人は対象外となります。
さらに、免税事業者等からの仕入れに係る8割控除の特例については、適用期限が延長されるものの、控除割合は段階的に引き下げられ、
年間適用上限額も厳格化されます。取引先の課税区分によっては、消費税負担や取引条件の見直しが必要になる可能性があります。

令和8年度税制改正は、「活用できる優遇制度を見極めつつ、見直し・縮小される制度への備えを進める」ことが求められる内容となっています。
自社の設備投資、研究開発、人件費、取引形態、資産保有の状況を総合的に整理し、今後の経営戦略に反映させていくことが重要といえるでしょう。

税制改正は単なる制度変更ではなく、国からのメッセージです。
その意図を読み取り、先手を打てるかどうかが、経営判断の質を左右します。
「自社が対象になるのか分からない」「今動くべきか判断したい」そのような段階でも、お気軽にご相談ください。

※本ページ、また本ページからリンクされるページに掲載された内容につきましては、「令和8年度税制改正大綱」に基づき、情報の提供を目的として、一般的な概要をまとめたものです。
※本記事は「令和8年度税制改正大綱」をもとに作成したものです。改正法（所得税法等の一部を改正する法律）は令和8年3月31日に成立しています。適用時期や要件の詳細は、成立した法令・政省令および国税庁の解説をご確認ください。
対策の立案・実行は専門家にもご相談のうえ、ご自身の責任において取り組んでいただきますよう、よろしくお願い申し上げます。