11年ぶり改正！マイカー通勤の非課税限度額が引き上げ。スタートアップが今すぐ確認すべき実務と年末調整の注意点

創業・スタートアップからM&A・事業承継までワンストップでご支援可能なプラスト税理士法人です。

今回のテーマは、
『11年ぶり改正！マイカー通勤の非課税限度額が引き上げ。スタートアップが今すぐ確認すべき実務と年末調整の注意点』です。

令和7年、11年ぶりにマイカー通勤者の「通勤手当」非課税限度額が引き上げられました。
スタートアップやベンチャー企業において、郊外に拠点を置く場合や、エンジニア・スタッフが車通勤をしているケースでは、給与計算や年末調整に直結する重要な改正です。
本記事では、改正の内容と、経営者や管理部門が「令和7年度の年末調整」で対応すべき具体的な実務ポイントを解説します。
「経理業務を効率化したい」「法改正対応を確実にしたい」という経営者の方はぜひ参考にしてください。

今回の改正内容｜片道10km以上の区分が増額

今回の改正は、自動車や自転車で通勤する従業員が対象です。
公共交通機関を利用する場合の限度額に変更はありません。
特に「片道10km以上」の各区分で上限が引き上げられています。

【改正後の非課税限度額】
＜片道の通勤距離が2km未満＞
1ヶ月当たりの非課税限度額
改正前：全額課税→改正後：全額課税（非課税となる部分はありません）

＜片道の通勤距離が2km以上10km未満＞
1ヶ月当たりの非課税限度額
改正前：4,200円→改正後：4,200円

＜片道の通勤距離が10km以上15km未満＞
1ヶ月当たりの非課税限度額
改正前：7,100円→改正後：7,300円

＜片道の通勤距離が15km以上25km未満＞
1ヶ月当たりの非課税限度額
改正前：12,900円→改正後：13,500円

＜片道の通勤距離が25km以上35km未満＞
1ヶ月当たりの非課税限度額
改正前：18,700円→改正後：19,700円

＜片道の通勤距離が35km以上45km未満＞
1ヶ月当たりの非課税限度額
改正前：24,400円→改正後：25,900円

＜片道の通勤距離が45km以上55km未満＞
1ヶ月当たりの非課税限度額
改正前：28,000円→改正後：32,300円

＜片道の通勤距離が55km以上＞
1ヶ月当たりの非課税限度額
改正前：31,600円→改正後：38,700円
【追記】令和8年度税制改正により、令和8年4月1日以後に支払われるべき通勤手当は、片道55km以上65km未満が38,700円、65km以上75km未満が45,700円、75km以上85km未満が52,700円、85km以上95km未満が59,600円、95km以上が66,400円となりました。また、一定の駐車場を利用する場合は、駐車場の料金相当額（月5,000円まで）を加算できます。

ポイント： この改正は令和7年4月1日以後に支給される通勤手当に遡って適用されます。

スタートアップが注意すべき「3つの実務対応」

スタートアップのスピード感ある経営の中で、バックオフィス業務を漏れなく進めるための注意点です。

1. 令和7年分の年末調整での精算
4月以降、旧基準で支給していた場合は、年末調整で過納となった税額を精算する必要があります。
給与ソフトの設定変更や、対象者の抽出が必要です。

2. 中途退職者への源泉徴収票の再交付
年の途中で退職した従業員に、改正前の非課税限度額を超える通勤手当を支払っていて、改正後の限度額で新たに非課税となる部分がある場合は、「支払金額」欄を訂正し、摘要欄に「再交付」と表示した源泉徴収票を再度交付します（税額の精算は、退職者ご本人の確定申告で行います）。

3. 規定の見直し
この機会に、社内の旅費交通費規定や通勤手当の支給ルールが、最新の非課税限度額と乖離していないかチェックすることをお勧めします。

煩雑な法改正対応は「経理BPO」で解決

スタートアップの経営資源は、プロダクト開発や営業に集中すべきです。
今回のような「遡及適用（さかのぼっての適用）」を伴う複雑な税務対応や、毎月の給与計算、年末調整は、プロの税理士法人に外注することで、ミスを防ぎ、コア業務への集中を可能にします。

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