M&Aで税理士に頼めること｜6つの役割・費用・選び方と相談のタイミングを売手・買手別に解説

M&Aで税理士に頼めることを、売手・買手別に解説｜仲介会社・FA・公認会計士・弁護士との分担、相談のタイミング、費用の決まり方、選び方まで

三菱UFJリサーチ＆コンサルティングでM&AのFA業務に携わってきたパートナー税理士が、株価算定からM&A後の確定申告・経理の統合までを支援している、プラスト税理士法人です。

「会社を売る話が出た。税理士には何を頼めるの？」
「仲介会社が入っているのに、税理士にも相談する必要がある？」
「M&Aを税理士に頼むと、費用はいくらかかるの？」

M&Aでの税理士の出番は、取引が終わった後の確定申告だけではありません。結論からお伝えすると、オーナーの手取りや買手の負担は、取引の形と価格を決める段階でほぼ決まります。税理士に相談するなら、意向表明書や基本合意書（＝価格や条件の大枠と、独占交渉などを取り決める書面）に署名する前が効果的です。

本記事では、会社の売却や買収を考えている経営者に向けて、M&Aで税理士が担う6つの役割、仲介会社・FA・公認会計士・弁護士との分担、売手と買手それぞれが税理士に頼むこと、相談のタイミング、費用の決まり方、M&Aに強い税理士の選び方を解説します。ぜひ最後までご覧ください。

この記事の結論（2026年11月14日時点）
M&Aで税理士が担うのは、①株価算定、②取引の形（スキーム）と税金の比較・手取り額の試算、③財務・税務のデューデリジェンス（＝買収前の調査）、④契約条件のうち価格・税金・会計に関わる点の整理、⑤交渉の準備と段取り、⑥M&A後の確定申告・経理の統合の6つです。相談は、意向表明書や基本合意書に署名する前がおすすめです。
• 個別の税金の計算や申告についての相談は、繰り返し行う場合は、報酬の有無にかかわらず税理士の業務とされています（税理士法2条・52条。→役割分担へ）。
• 売手は「手取り額」、買手は「価格が高すぎないか」と「引き継ぐ税務リスク」が中心です（→売手へ・→買手へ）。
• 費用は業務ごとの見積りで決まります。当法人の株価算定は、M&A向けのバリュエーションで70万円〜（税込77万円〜）が目安です（→費用へ）。
• 相手がすでに決まっている取引なら、交渉はご自身で行い、税理士が裏方で支える進め方もあります（→選び方へ）。

1. M&Aで税理士ができること｜6つの役割

M&Aで税理士ができることは、①株価算定、②スキームと税金の比較、③デューデリジェンス、④契約条件の確認、⑤交渉の準備と段取り、⑥M&A後の確定申告・経理の統合の6つで、価格・税金・会計に関わる仕事の多くにわたります。

このうち①〜③は、取引の価格と形を決める材料になるため、早い段階で必要になります。④⑤は交渉から契約まで、⑥は取引の後です。税理士によって引き受ける範囲は異なるため、依頼の前に、どこまで対応してもらえるかを確認しておきましょう。

税理士に頼むメリットは、次の4つです。
• 同じ価格でも、手取りが増える取引の形や組み合わせが分かる
• 価格の根拠を持って交渉できる
• 引き継ぐ税務リスクを、価格や契約の条件に反映できる
• 取引の後の申告や経理まで、同じ相手に任せられる

2. 仲介会社・FA・公認会計士・弁護士・税理士の役割分担｜誰に何を頼む？

M&Aでは、相手探しと全体の進行は仲介会社かFA、価格の根拠と税金は税理士、契約の法的な審査は弁護士が担うのが基本です。

仲介会社は売手と買手の双方と契約して間に立ち、FAは一方とだけ契約してその側のために動く点が違います。財務の調査や株価算定は公認会計士も担いますが、税金の計算や申告の相談まで含めて頼むなら、税理士（または税理士の登録をしている公認会計士）に依頼します。

個別の税金の計算や申告についての相談は、税理士の業務です。税理士法は、税務代理・税務書類の作成・税務相談を税理士業務と定め（税理士法2条1項）、税理士でない者がこれを行うことを禁じています（同法52条）。国税庁は、報酬を受け取らない場合でもこの規定の対象になり得るとしています（税理士法基本通達2-1）。つまり、仲介会社による税金の一般的な説明は参考にとどめ、ご自身の税額や手取りは、税理士に計算してもらうのが確実です。また、報酬を得て契約書の法的な審査などの法律事務を行うことは、弁護士法72条との関係で、原則として弁護士の業務と考えられています。

中小企業庁の「中小M&Aガイドライン」（第3版、2024年8月）も、売手・買手の双方と契約する仲介者は確定的なバリュエーションを行わず、デューデリジェンスも自ら実施すべきでないとしています。そのうえで、必要に応じて税理士などの士業等専門家の意見を求めるよう、依頼者に伝えることを求めています。

3. 売手が税理士に頼むこと｜手取り額を決める準備

会社を売るオーナーが税理士に頼む中心は、「最終的にいくら手元に残るか」の試算と、そのための準備です。

① 売る前に、株価の目安を知る
相手から価格を示される前に自社の株価の目安を持っておくと、示された価格が妥当かを判断できます。
参考：株価算定・企業価値評価（バリュエーション）
親族や役員、会社に売る場合の税務上の株価は、次の記事で解説しています。
参考記事：非上場株式の評価方法

② 取引の形ごとに手取り額を比べる
株式譲渡の譲渡益には、所得税15.315%（復興特別所得税を含む。2027年分からは防衛特別所得税を含む）と住民税5%、合わせて20.315%の税率で、ほかの所得と分けて課税されます（租税特別措置法37条の10、地方税法附則35条の2）。売却代金の一部を役員退職金として受け取ると、退任の実態や金額が適正であることなどを条件に、手取りが増える場合があります。一方、事業譲渡では、まず会社に譲渡益への法人税等がかかり、売却代金をオーナーが配当や清算時の分配で受け取る段階で、さらに所得税等がかかります（二段階の課税）。売却益が数億円規模になる場合は、所得が極めて高い人への追加の課税（租税特別措置法41条の19）がかかることがあり、令和8年の改正で、2027年分から対象が広がります。同じ価格でも、形と組み合わせ、売る時期で手取りは変わります。計算例は次の記事で解説しています。
参考記事：株式譲渡（会社売却・M&A）の税金はいくら？オーナーの手取りを計算例で比較

③ 買手の調査で指摘されそうな点を、先に確かめる
名義株（＝名義だけ他人になっている株）や少数株主、役員への貸付金、会社に残す資産と引き継がない資産などは、買手の調査で確認されることが多い項目です。売る前に整理しておくと、価格の減額や交渉の長期化を防げます。少数株主の株を会社で買い取る場合は、次の記事が参考になります。
参考記事：自己株式の取得とは？非上場の株価・税金・手続き

④ 売った後の確定申告
株式を売った年の翌年に、確定申告が必要です。役員退職金は、会社に「退職所得の受給に関する申告書」を出していれば源泉徴収で課税が終わるため、原則として確定申告に含める必要はありません（国税庁タックスアンサーNo.1420）。

4. 買手が税理士に頼むこと｜高すぎる買い物と、引き継ぐ税務リスクを防ぐ

会社や事業を買う側が税理士に頼む中心は、「価格が高すぎないか」と「何を引き継ぐか」の確認です。

① 価格が高すぎないかを確かめる
売手が示す価格が、利益や純資産から見て妥当かを、株価算定で確かめます。買収のための借入れを予定しているなら、返済できる価格かどうかもあわせて確認します。
参考：株価算定・企業価値評価（バリュエーション）

② 税務デューデリジェンスで、引き継ぐリスクを調べる
株式譲渡では会社をまるごと引き継ぐため、過去の申告漏れなどの税務リスクも、そのまま引き継ぎます。主に調べるのは、次の項目です。

見つかったリスクは、追加の税金の見込み額として、価格の引下げや契約での補償の条件に反映します。なお、繰越欠損金（＝過去の赤字を将来の黒字と相殺できる制度）がある会社の株式の50%超を取得した場合、5年以内に、元の事業をやめて事業規模のおおむね5倍を超える資金を入れる、旧経営陣が全員退任し、従業員のおおむね2割以上が退職したうえで、元の事業規模のおおむね5倍を超える新しい事業を始める、などの一定の事由に当たると、繰越欠損金は使えなくなります（法人税法57条の2）。

③ 株式譲渡と事業譲渡で、買手の税金も変わる
法人から事業とその主要な資産・負債のおおむね全部を譲り受けるなど一定の要件を満たす場合、のれん（＝純資産を超えて上乗せして払った分）にあたる部分（資産調整勘定）は、5年（60か月）で均等に損金算入（＝税務上の経費に）されます（法人税法62条の8、同法施行令123条の10）。一方で、事業譲渡では建物や営業権などに消費税がかかるため（土地などは非課税）、後で仕入税額控除を受けられる場合でも、支払時には消費税分の資金も必要です。どちらの形が有利かは、買手の側でも試算して比べます。

④ M&A後の経理の統合
買った会社の経理のやり方や締めの早さは、会社ごとに違います。親会社と同じ水準で月次の数字が出るように、経理の引継ぎと統合を進めます。
参考：財務コンサル（組織再編・M&A）｜M&A後の統合（PMI）の支援

5. 税理士に相談するタイミング｜意向表明書・基本合意書の前が目安

税理士に相談するなら、意向表明書（＝買手が価格や条件を示す書面）や基本合意書に署名する前が目安です。価格と取引の形の大枠は、この段階で決まることが多いためです。

基本合意書は価格などに法的な拘束力がないのが通常ですが、一定期間ほかの相手と交渉しない約束（独占交渉権）が入ることが多く、署名した後は実務上、条件を大きく変えにくくなります。「まだ早いかも」と思う段階での相談が、結果的に手取りや負担の差になります。

自社株を資産管理会社に移してから売るかどうかも、合意の前に決めておく論点です。
参考記事：自社株は個人と資産管理会社のどちらで持つ？IPO・M&A前に移すメリットと、売る価格・税金

6. M&Aの税理士の費用｜報酬の決まり方と、見積りで確認すること

M&Aの税理士の費用は、株価算定・デューデリジェンス・スキームの検討・確定申告などの業務ごとの見積りで決まります。当法人の目安は、M&A向けの株価算定（バリュエーション）が70万円〜（税込77万円〜）、税務上の株価が30万円〜（税込33万円〜）です。

税理士の報酬には、公的な相場がありません。税理士会が会則で定めていた報酬の規定は、2002年4月施行の税理士法改正で廃止され、いまは各事務所が自由に定めています（日本税理士会連合会）。費用を左右するのは、主に①会社の規模（売上・拠点・子会社の数）、②調べる範囲（財務だけか、税務も含めるか）、③報告書の形（口頭か、相手や金融機関に出す報告書か）、④資料がそろっているか、⑤期間の5つです。

仲介会社やFAの報酬は、着手金・月額報酬・中間金・成功報酬などで構成されます。成功報酬は、譲渡額や移動総資産などの基準額に、金額の階層ごとの料率をかけるレーマン方式によるものが多いとされています。中小M&Aガイドラインは、仲介者・FAに、契約の前に手数料の算定基準・金額・最低手数料・支払時期などを書面で説明するよう求めています。

顧問契約の範囲でのM&Aのご相談は、原則として口頭での助言です。株価算定書や試算表の作成など作業を伴う場合は、着手前にお見積りします（料金）。

見積りでは、①業務の範囲（報告書を出すか）、②追加費用がかかる条件、③支払いの時期、④弁護士・司法書士など他の専門家の費用が別かどうか、の4点を確認しておくと安心です。顧問料の相場や見積りの見方は、次の記事で解説しています。
参考記事：税理士の顧問料・費用の相場は？

7. M&Aに強い税理士の選び方｜確認したい5つのポイント

M&Aに強い税理士かどうかは、次の5つで確かめられます。

• M&Aの実務経験：株価算定・デューデリジェンス・FA業務に、売手と買手のどちらの側で、どのくらい関わってきたか
• 数字で比べられるか：取引の形ごとの税金と手取り額を、試算で示してもらえるか
• 報告書の形で出せるか：株価算定の結果を、相手や金融機関に説明できる報告書にまとめられるか
• 他の専門家との連携：弁護士・司法書士などと連携し、全体の段取りまで見られるか
• M&A後まで対応できるか：確定申告や税務調査、買った会社の経理の統合まで任せられるか

いまの顧問税理士は、会社の数字やこれまでの経緯をよく知っています。顧問税理士はそのままで、M&Aの部分だけを別の税理士に頼み、両者が連携して進める形もあります。

また、取引先や知人など相手がすでに決まっている取引では、交渉はご自身で行い、税理士が裏方で価格・税金・契約条件・交渉の準備を支える進め方もあります。
参考：仲介を使わないM&A支援（シャドーFA）

8. まとめ｜M&Aの税理士には「価格と形を決める前」に相談する

M&Aの価格と取引の形、税金と手取り額まで確かめてから決めていますか？税理士への相談を取引の後の申告だけにすると、手取りを増やせる組み合わせや、価格に反映すべき税務リスクを見落とすことがあります。

次のどれかに当てはまるなら、一度相談しておくべきです。
• 会社の売却や買収の話が出ているが、株価の目安をまだ知らない
• 株式譲渡と事業譲渡、役員退職金の組み合わせで、手取り額を比べていない
• 仲介会社から示された価格や条件が妥当か、自分の側に立つ専門家の意見を聞きたい
• 意向表明書や基本合意書への署名が近い
• 買った会社の税務リスクや、買収後の経理に不安がある

M&Aの税金・株価算定でお悩みなら、プラスト税理士法人へご相談ください

こんな経営者様はご相談ください。
• 会社を売る前に、株価と手取り額を試算しておきたい
• 相手が決まっている取引を、交渉は自分で、準備は専門家と進めたい
• 買収の前に、価格が高すぎないか、引き継ぐ税務リスクがないかを確かめたい
• いまの顧問税理士はそのままで、M&Aの部分だけを相談したい

プラスト税理士法人のパートナー税理士3名は、三菱UFJリサーチ＆コンサルティングに在籍していた当時、M&AのFA業務に数多く携わりました。代表統括税理士の込山 大介は、十数件のM&Aで成約まで関与しています。株価算定から、スキームと税金の比較、デューデリジェンス、交渉の準備、M&A後の確定申告・経理の統合までを一貫して支援しています。初回のご相談は無料です。

• 相手が決まっているM&Aの支援内容はこちら　仲介を使わないM&A支援（シャドーFA）
• M&A・組織再編の支援内容はこちら　財務コンサル（組織再編・M&A）
• 株価の目安を知りたい方はこちら　株価算定・企業価値評価
• 無料相談・お問い合わせはこちら　お問い合わせフォーム

よくある質問

●M&Aで税理士に頼めることは何ですか？
主に次の6つです。株価算定、取引の形（スキーム）と税金の比較・手取り額の試算、財務・税務のデューデリジェンス（＝買収前の調査）、契約条件のうち価格・税金・会計に関わる点の整理、交渉の準備と段取り、M&A後の確定申告と経理の統合です。交渉の準備と段取りまで任せられるのは、FAの経験がある税理士の場合です。

●M&Aの仲介会社とFAの違いは何ですか？
仲介会社は売手と買手の双方と契約して間に立ち、FAは売手か買手の一方とだけ契約して、その側のために相手探しや交渉を行います。どちらに頼む場合も、価格の根拠や個別の税金の相談は税理士に、契約の法的な審査は弁護士に頼むのが基本です。

●M&Aの相談は、仲介会社と税理士のどちらにすればよいですか？
相手をこれから探すなら仲介会社やFA、相手が決まっていて価格や税金を確かめたいなら税理士が目安です。仲介会社に依頼する場合も、ご自身の税額や手取りの計算は税理士に頼むのが確実です。

●M&Aを税理士に頼むと、費用はいくらかかりますか？
業務ごとの見積りで決まります。プラスト税理士法人の目安は、M&A向けの株価算定（バリュエーション）が70万円〜（税込77万円〜）、税務上の株価が30万円〜（税込33万円〜）です。税理士の報酬は各事務所が自由に定めているため公的な相場はなく、業務の範囲と報告書の有無をそろえて比べます。初回のご相談は無料です。

●顧問税理士がいますが、M&Aは別の税理士に頼むべきですか？
顧問税理士がM&Aの株価算定や税務の調査に慣れていれば、そのまま相談できます。M&Aの経験がある税理士に、M&Aの部分だけを別に頼み、顧問税理士と連携して進める形もあります。プラスト税理士法人でも、いまの顧問税理士はそのままで、M&Aの部分だけのご依頼を承ります。

●仲介会社が入っていても、税理士に相談できますか？
はい、できます。中小M&Aガイドラインは、仲介会社などとの専任契約であっても、合理的な理由がない限り、依頼者がほかの専門家の意見（セカンドオピニオン）を求めることを認めるよう求めています。仲介会社との契約の内容を確認したうえで、示された価格や条件、税金を確認します。

●M&Aで税理士にはいつ相談すればよいですか？
意向表明書や基本合意書に署名する前が目安です。価格と取引の形の大枠はこの段階で決まることが多く、基本合意の後は実務上、条件を大きく変えにくくなります。売却や買収を考え始めた段階で、株価の目安と手取り額を試算しておくのが理想です。

●税理士は、M&Aの契約書をチェックしてくれますか？
価格の調整、税金の負担、会計の数字に関わる条件は、税理士が確認します。契約書の法的な審査は弁護士に依頼するのが一般的なため、当法人では弁護士と役割を分けて進めます。

【主な根拠資料】税理士法2条・3条・52条、税理士法基本通達2-1（国税庁）／弁護士法72条／中小企業庁「中小M&Aガイドライン（第3版）」／日本税理士会連合会「税理士に相談する」／租税特別措置法37条の10・41条の19、地方税法附則35条の2、国税庁タックスアンサーNo.1463「株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）」／No.1420「退職金を受け取ったとき（退職所得）」／法人税法57条の2・62条の8、法人税法施行令123条の10
※本記事は2026年11月14日時点の法令・指針に基づく一般的な解説です。
※ 最終判断は担当税理士が行ってください。個別の事案への適用は、担当税理士にご確認ください。